Wejście w życie JPK_VAT będzie wymagało od przedsiębiorców przystosowania się do nowych zasad rozliczeń. Problemem może okazać się zwłaszcza uwzględnianie transakcji w podzielonej płatności czyli sytuacja, w której podatnik oznacza fakturę jako „mechanizm podzielonej płatności”.
Aktualnie podatnicy VAT umieszczają wspomniane oznaczenie zarówno na fakturach, które są objęte obowiązkowym mechanizmem podzielonej płatności, jak i na tych, których ten obowiązek nie dotyczy (tj. na transakcje, które nie dotyczą towarów bądź usług z załącznika nr 15 bądź suma na fakturze jest mniejsza, niż 15 000 zł.) Stosowanie tego rodzaju praktyki nie będzie możliwe w przypadku nowej schemy, gdyż przewiduje ona umieszczenie oznaczenia MMP wyłącznie na fakturach, które objęte zostały obowiązkowym mechanizmem podzielonej płatności.
Opisywana zmiana została potwierdzona przez Ministerstwo Finansów na oficjalnej witrynie takowego: „W nowym JPK trzeba będzie wskazywać, kiedy transakcja była objęta podzieloną płatnością, ale tylko tą obowiązkową. Dotyczy to zarówno sprzedawcy, jak i nabywcy”
Oznacza to, że nowy sposób raportowania w JPK_VAT niejako wymusi na przedsiębiorcach konieczność analizowania transakcji ze szczególnym uwzględnieniem warunków stosowania oznaczenia MMP. Co istotne, dotyczyć to będzie obu stron transakcji, a zatem zarówno sprzedających, jak i kupujących. Wdrożenie odpowiednich, wewnętrznych procedur stanie się zatem koniecznością gdyż niezastosowanie się do przepisów może skutkować powstaniem rozbieżności w sposobie raportowania przez wspomniane strony transakcji.
Kolejna z kwestii budzących wątpliwości przedsiębiorców dotyczy odniesienia oznaczeń do całej faktury. W myśl przepisów nowego JPK_VAT oznaczenie MPP ma być stosowane do „transakcji” czyli konkretnej dostawy towarów bądź usług wymienionych w załączniku nr 15 do ustawy, na kwotę równą/wyższą 15 000 zł. Niemniej jednak taka faktura może zawierać również towary/usługi, których obowiązkowy MPP nie obejmuje. Teoretycznie zatem oznaczenie MPP powinno zostać przypisane do pozycji faktury obejmującej towary/usługi, które podlegają pod obowiązkowy split payment.
Zastosowanie tego rozwiązania nie jest jednak możliwe, gdyż w praktyce konkretne oznaczenia należy odnosić do całej faktury. Na oficjalnej stronie MF podatnicy mogą przeczytać, iż obowiązkiem umieszczania adnotacji MPP objęte są zarówno faktury dotyczące sprzedaży, jak i zakupu bez względu na to, czy MPP odnosi się do wszystkich, czy jedynie do wybranych pozycji na tej fakturze. Bez znaczenia pozostaje również to, czy sprzedawca zamieścił na fakturze słowa „mechanizm podzielonej płatności”. Jeśli bowiem faktura dotyczy towarów wymienionych w załączniku nr 15 na kwotę równą/wyższą 15 000 zł, to kupujący tak czy inaczej musi przypisać kod MPP w nowym JPK_V7.